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Die Morphogenese (griechisch μορφογενετική, „Entstehung der Form“, siehe auch -genese) bezeichnet die Entwicklung von Organismen, Organen und Organellen sowie anderen Strukturen und Merkmalen im Verlauf der Ontogenese von Lebewesen, darunter Menschen, Tieren, Pflanzen, Prokaryoten und Viren.
Als ein Pionier mathematisch-quantitativer Analysen anlässlich der Morphogenese tierischer Organismen gilt D’Arcy Wentworth Thompson mit seinem 1917 erschienenen Buch „On Growth and Form“. Er zeigte, dass viele Körperformen als Formänderungen eines Koordinatennetzes, welches gleichsam über den Organismus gelegt wird, erklärt werden können und dass häufig recht einfache Wachstumsallometrien wirksam sind, um den Übergang von einer Form zu einer anderen zu erklären. Diese können in der heutigen Zeit als unterschiedlich starke Expression von Entwicklungsgenen entlang eines Gradientengefälles interpretiert und gegebenenfalls näher untersucht werden.
Weiter gehende theoretische Aspekte der Morphogenese und vor allem der Musterbildung können mathematisch mithilfe von Alan Turings Reaktionsdiffusionsgleichung beschrieben werden, siehe Turing-Mechanismus.[1]
Als spezielle Entwicklungsabschnitte der Morphogenese des Menschen im vorgeburtlichen Zustand kann man unterscheiden zwischen